西暦2130年。ニュー・トーキョーは上臨電脳化機構の管理下に置かれた。人々の記憶はクラウドに保存され、肉体は「シェル」と呼ばれる器に過ぎない。

元軍事エンジニアの「KAITO」は、ある日、記憶を失った少女「ARIA」と出会う。彼女は自分が誰なのか、なぜここにいるのかを知らない。だが、彼女の瞳には、この世界の「真実」が映し出されていた。

システムが隠蔽する秘密。消えゆく人間性。二人が辿り着く先は、希望か、それとも終焉か——。